どちらも記入してください。履歴書の志望動機を完全版にしたのが、職務経歴書の志望動機って考えるといいと思います。職務経歴書では、志望動機を深掘り（エピソードや数字など）してで書かれると良いと思います。

一般的には履歴書のみの応募が多いため、履歴書を充実させることに重点を置きます、また、履歴書と職務経歴書の提出がある場合は、履歴書に魅力がないと職務経歴書まで見てもらい難い点があります。ですので、履歴書をしっかり仕上げる必要があるため、内容を充実させる必要があります。

また、書類選考の通過率を上げる意味では、両方に志望動機を書くのがおすすめです。文字数の違いがあるため（履歴書は250文字～300文字が一般的）全く同じはおすすめしませんが、おおまかな内容は同じで大丈夫です。

なお、職務経歴書の提出の記載はないけれど、一緒に出した方が良いと考える方もいらっしゃいますが、決められたこと以外の行動をするという判断をされる人事担当者もいます。 一方、多数の応募者のなかで、採用担当者に時間的な負担をかける点もあります。ご自身が採用を勝ち取るため、職務経歴書送付が欠かせないと判断した場合は、「職務経歴を理解いただきたく添付いたしました。お忙しいなかお手間をかけますが、一読いただきたくよろしくお願いします」などのひとことを添えることで、受け止め方は緩和されると思います。